Hệ thống nhà xưởng thuốc đóng gói cần được bố trí một cách khoa học để các khu vực riêng đều có các mức độ sạch và vô khuẩn khác nhau để có thể loại bỏ được khả năng bị ô nhiễm cao nhất. Nhằm kiểm soát luồng không khí giữa các khu vực, hệ thống lọc khí đã được trang bị vào bên trong khu vực thuốc đóng gói theo tiêu chuẩn của ngành. Hệ thống lọc không khí là điều cần thiết để đảm bảo chất lượng cho sản phẩm, đặc biệt là ngành thuốc đóng gói bởi nó ảnh hưởng trực tiếp đến sức khỏe con người. Do đó các khu vực thuốc đóng gói cần trang bị hệ thống lọc khí đạt chất lượng cao với những sản phẩm tốt như lọc thô, lọc tinh hay lọc EPA/HEPA/ULPA của thương hiệu AAF (Mỹ).
